Les organes de l’IUPA sont :
-    le Conseil d’Établissement ;
-    le Comité Scientifique et Pédagogique ;
-    la Direction.
Le Conseil d’Établissement
L’IUPA est administré par un Conseil d’Établissement qui comprend :
-    Le Recteur, Président ;
-    Un représentant du ministère de l’Éducation ;
-    Un représentant du ministère de la Pêche ;
-    Un représentant du ministère chargé de la Fonction publique ;
-    Les Doyens des Facultés des Sciences et Techniques, Lettres et Sciences humaines, Sciences juridiques et politiques, Sciences économiques et de Gestion ;
-    Le Directeur de l’École supérieure Polytechnique ;
-    Le Directeur de l’IFAN/CAD ;
-    Le Directeur de l’ISRA ;
-    Le Directeur de l’École Inter-États des Sciences et Médecine Vétérinaires ;
-    Le Directeur de l’Institut ;
-    Le Directeur des Études de l’Institut ;
-    Le Chef des Services administratifs de l’Institut ;
-    Quatre représentants des enseignants et chercheurs en exercice à l’Institut élus pour un an ;
-    Deux représentants des étudiants élus pour un an dans les conditions fixées par décret n°70-1181 du 19 octobre 1970 ;
-    Deux représentants du personnel administratif, technique et de service élus pour un an ;
-    Trois membres représentant les professionnels de la Pêche et de l’Aquaculture.
Le Conseil d’Établissement peut s’adjoindre des membres extérieurs tels que les représentants d’organismes de coopération internationale ou d’organismes liés par des accords spécifiques.  Ces membres siègent en qualité d’observateurs.
Il peut également faire appel à titre consultatif à des personnes qu’il souhaite entendre ou consulter en raison de leur compétence.
Le Chef des Services administratifs de l’Institut assure le secrétariat du Conseil et rédige les procès-verbaux de ses délibérations.
Le Conseil d’Établissement formule des propositions sur toutes les questions relatives au fonctionnement de l’Institut notamment ses activités pédagogiques et administratives.
Il contrôle la gestion du Directeur et élabore le règlement intérieur publié par arrêté rectoral.
Le Conseil propose à l’Assemblée de l’Université la nomination du Directeur et donne son avis sur :
-    l’acceptation des dons, legs et subventions en faveur de l’Institut ;
-    l’emploi des revenus et du produit des dons, legs et subventions ;
-    toutes les questions qui lui sont soumises, soit par le Ministre de l’Education, soit par le Ministre de la Pêche, soit par le Recteur.
Le Comité scientifique et pédagogique
Le comité scientifique et pédagogique, présidé par le directeur de l’Institut, comprend :
-    le directeur des Études de l’Institut ;
-    tous les enseignants exerçant dans l’Institut ;
-    4 représentants des enseignants et des chercheurs associés ;
-    Les 2 représentants des étudiants siégeant au Conseil d’Établissement ;
-    Les 3 représentants des professionnels de la pêche et de l’aquaculture siégeant au Conseil d’Établissement ;
-    Le directeur de l’École nationale de la Formation maritime (E.N.F.M.).
Le Comité peut inviter à ses réunions toute personne qu’il souhaite entendre ou consulter en raison de sa compétence.
Le directeur des Études tient le procès-verbal des délibérations du Comité scientifique et pédagogique.
Le Comité scientifique et pédagogique est consulté sur toutes les questions pédagogiques et scientifiques de l’Institut sur le double plan de l’enseignement et de la recherche.
Il donne son avis sur les demandes et l’attribution de postes d’enseignement. Il siège dans ce cas en formation restreinte au directeur, et aux seuls enseignants de grade égal ou supérieur au grade postulé.
La Direction
L’Institut universitaire de Pêche et d’Aquaculture est placé sous l’autorité d’un Directeur choisi parmi les Professeurs, Directeurs de recherche ou maîtres de conférences, maîtres de recherche de la spécialité.
Il est nommé par décret sur proposition du Conseil d’Établissement après avis de l’Assemblée de l’Université pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Le directeur exerce ses fonctions sous le contrôle du Conseil d’Établissement.
Il est chargé plus particulièrement de :
-    préparer et de proposer au Conseil les programmes généraux d’activités et d’assurer leur réalisation ;
-    élaborer les projets de budget de l’Institut ;
-    gérer les fonds mis à la disposition de l’Institut dont il est l’administrateur des crédits ;
-    d’établir toutes relations utiles avec les personnes physiques ou morales s’intéressant aux missions de l’Institut.
Le directeur exerce le pouvoir hiérarchique sur l’ensemble du personnel de l’Institut.
Le directeur présente chaque année au Conseil d’Établissement un rapport sur la situation de l’Institut et les améliorations qui peuvent y être introduites.
Il est assisté d’un directeur des Études choisi parmi les professeurs, directeurs de recherche, maîtres de conférences, maîtres de recherche ou  à défaut maîtres-assistants ou attachés de recherche exerçant à l’Institut. Il est nommé par le Recteur sur proposition du Directeur après avis du Comité scientifique et pédagogique pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Le directeur des Études est chargé, sous l’autorité du directeur, de la gestion pédagogique de l’Institut. À ce titre, il coordonne les activités d’enseignement notamment l’établissement des emplois du temps, l’organisation et le déroulement des excursions, stages ou visites ainsi que des examens. Il a la responsabilité du matériel didactique.
En cas d’absence ou d’empêchement du directeur de l’Institut, il assure son intérim.
Le directeur est également assisté d’un chef des services administratifs nommé par le Recteur sur proposition du Directeur de l’Institut.
Il assure sous l’autorité du Directeur, la gestion administrative de l’Institut et la liaison avec les services administratifs du Rectorat et des autres services de l’Université.