Au Sénégal, le secteur de la pêche joue un rôle socio-économique de premier plan. Il contribue significativement à l’équilibre de la balance commerciale ainsi qu’au PIB. En 2000, les captures globales dans la zone économique exclusive étaient d’environ 400.000 tonnes, soit plus de 87 milliards de francs CFA à la première vente. De même, au niveau des exportations,  88.000 tonnes de produits étaient enregistrés soit une valeur commerciale d’environ 186 milliards de francs CFA.
Pourtant, ces facteurs positifs cachaient mal un paradoxe : le secteur était caractérisé par un manque chronique de cadres spécialisés et aucune structure de formation de ressources humaines de haut niveau n’existait ni au Sénégal ni dans la sous-région. L’essentiel des cadres supérieurs aussi bien administratifs que de recherche était issu de filières de formation autres que la pêche.
Les statistiques officielles révélaient, par ailleurs, qu’en 2008, les derniers cadres supérieurs du ministère chargé de la Pêche iraient à la retraite.
C’est pourquoi, les résolutions issues des concertations nationales de novembre 2000 sur la pêche et l’aquaculture avaient mis un accent particulier sur l’impérieuse nécessité de la formation de cadres supérieurs et l’urgence de la création d’une structure universitaire de formation dans les sciences et techniques de la pêche et de l’aquaculture.
Au niveau régional, les besoins en formation de cadres supérieurs se posaient avec la même acuité et la fermeture en 1989 de l’Institut supérieur des Sciences et Techniques halieutiques (I.S.S.T.H.) de Nouadhibou qui formait les techniciens halieutes des pays de l’ex CEAO renforçait ces besoins.
L’Institut Universitaire de Pêche et d’Aquaculture (IUPA) est ainsi le fruit d’une triple volonté:
-    Celle de la République du Sénégal et du ministère en charge de la Pêche en particulier de se doter d’une structure de formation de cadres supérieurs dans le domaine de la pêche et de l’aquaculture pour faire face à l’insuffisance notoire des ressources humaines dans ce secteur ;
-    Celle du ministère de l’Éducation de développer au sein des universités des structures de formation qui répondent de façon satisfaisante aux préoccupations de développement durable de notre pays ;
-    Celle de l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar de promouvoir des formations professionnalisées en adéquation avec les secteurs essentiels de l’économie de notre pays, conformément aux conclusions des concertations sur l’enseignement supérieur tenues en 1992.
Le 30 juillet 2003, l’Assemblée de l’Université Cheikh Anta Diop adopte la proposition de création de l’IUPA.
L’Institut accueille ses premiers étudiants durant l’année académique 2004-2005.
Le 04 octobre 2007, l’IUPA est institué via le décret n° 2007-1151 du 04 octobre 2007.